María J. Pérez-Méndez2,3, Paola B. Zarate-Segura3, Juan Salas-Benito1 y Fernando G. Bastida-González2
1Laboratorio de Biomedicina
Molecular, ENMyH, IPN, Av. Guillermo Massieu Helguera 239, La Escalera, 07320
Ciudad de México, México.
2Laboratorio Estatal de Salud
Pública del Estado de México, Av. Paseo Tollocan #0, La Moderna de la Cruz,
50120, Toluca de Lerdo, Estado de México, México.
3Laboratorio de Medicina
Traslacional ESM-IPN, Calle Salvador Díaz Mirón S/N, Santo Tomás, 11340 Ciudad
de México, México
Autor de correspondencia: majo.pm.94@gmail.com
RESUMEN
El virus del Zika, emergente en
América desde el 2014, descubierto en Uganda, es responsable de graves daños a
la salud: microcefalia, y otros defectos en el nacimiento, Síndrome de Guillain
Barré, y alteración de las células neuronales progenitoras. Actualmente no hay
vacunas o tratamientos específicos para la enfermedad que causa; en el presente,
se diseñó un siRNA mediante herramientas bioinformáticas con blanco hacia la
región 3’UTR de ZIKV. Un total de 128 secuencias de linaje asiático y africano
se obtuvieron de la base de datos de la NCBI, se alinearon en la región 3 ‘UTR,
y se realizó un árbol filogenético para obtener grupos y secuencias consenso de cada uno;
posteriormente cada secuencia consenso fue sometida a 8 servidores distintos
para el diseño del siRNA, se obtuvo un siRNA que fue validado mediante: %GC,
energía de plegamiento, energía de unión (siRNA-blanco), además de un
alineamiento con el genoma humano para evitar silenciamiento en el mismo, a
través de herramientas bioinformáticas; por último se realizó el diseño de la
molécula en 3D y su validación, evaluando las colisiones entre átomos, pliegues
de ribosas y conformación de la
estructura. Se obtuvo un siRNA funcional, con energía de plegamiento de 0.3-1.5
kcal/mol, una energía de unión de -34.7 kcal/mol, 42.1 % GC y un puntaje
<35% de similitud conforme al genoma humano, por último, se obtuvo la
estructura 3D del siRNA. De acuerdo con los valores obtenidos y la literatura,
el siRNA sería eficiente para evitar la replicación de ZIKV.
Palabras clave: ZIKV, 3’UTR,
siRNA
Parac citar:
Pérez-Méndez, M.J., Zarate-Segura,
P.B., Salas-Benito, J. y Bastida-González, F.G. (2018) Diseño in silico de RNAI para silenciar la región 3’UTR del virus del Zika. Revista del Centro de Graduados e
Investigación. Instituto Tecnológico de Mérida, 33(73),276-280
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