Unidad de Biotecnología, Centro
de Investigación Científica de Yucatán, A. C.
Calle 43 No. 130 x 32 y 34, Chuburná de Hidalgo, CP 97200, Mérida, Yucatán, México
Autor de correspondencia: aileen@cicy.mx, elsa.gongora@cicy.mx
RESUMEN
El uso de la metagenómica nos
permite analizar e identificar el conjunto de genomas de un ambiente, siendo
esta tecnología más eficaz que los métodos de cultivos tradicionales para
identificar las especies presentes, así como los genes que contienen. Las herramientas
bioinformáticas nos permiten analizar los datos de secuenciación metagenómica,
ayudándonos a comprender la información de las secuencias de DNA y de las
proteínas que codifica. Para la búsqueda de los motivos característicos de las
serin-proteasas, se tradujeron las secuencias del metagenoma de un cenote
mediante la herramienta “transeq” de EMBOSS. Posteriormente se crearon tres
expresiones regulares para cada uno de los motivos. Utilizando el comando
‘grep’ de Linux y las expresiones regulares diseñadas se realizó la búsqueda.
Para la extracción de las regiones conservadas comprendidas entre los motivos
de cada secuencia, se utilizaron las herramientas ‘preg’ y ‘extractseq’ de
EMBOSS. El alineamiento de las regiones conservadas se realizó mediante el
software BLASTp, utilizando la base de datos de la familia S8 de MEROPS. El
dendograma filogenético se elaboró mediante el software MEGA6, utilizando las
regiones conservadas y su respectivo homologo más cercano de la base de datos
de MEROPS. Se identificaron 15 nuevas posibles secuencias de serin-proteasas
con un porcentaje de identidad entre 50% y 74% con su ortólogo más cercano.
Estos resultados demuestran que la metodología empleada es adecuada para la
búsqueda de dominios catalíticos de serin-proteasas S8 en metagenomas.
Palabras clave:
Enzimas proteasas, Metagenómica, Bioinformática.
Caamal-Pech, A., Ramírez-Prado, J., Góngora-Castillo,
E. y O’Connor-Sánchez, A. (2018) Análisis de la diversidad de proteasas S8 en un metagenoma acuático mediante herramientas bioinformáticas. Revista del Centro de Graduados e
Investigación. Instituto Tecnológico de Mérida, 33(73),263-266
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