sábado, 20 de julio de 2019

Marcadores SRAP e ITAP para estudiar polimorfismo en la microbiota del rumen de bovinos lactantes



David I. Pérez-Ramírez2, Pablo López-Gómez1, Cándido E. Guerra-Medina1, Gilberto Barrios-Salgado2 y Carolina Barrios-Roblero1

1Campo Experimental Rosario Izapa, Instituto Nacional de Investigaciones Forestales Agrícolas y Pecuarias, km 18 Carretera Tapachula-Cacahoatán, Tuxtla Chico, Chiapas, México, C.P. 30870.
2Universidad Autónoma de Chiapas, Instituto de Biociencias. Blvd. Príncipe Akishino S/N, Col. Solidaridad 2000, Tapachula Chiapas, México.
Autor de correspondencia:  lopez.pablo@inifap.gob.mx

RESUMEN

En este trabajo se seleccionaron iniciadores basados en polimorfismo amplificado de secuencias relacionadas (SRAP) para la caracterización molecular de Theobroma cacao L. Con ADN genómico de los genotipos Carmelo, Lagarto, PMCT58, CATIER1 y CATIER6, se evaluaron un total de 43 combinaciones SRAP por PCR. Para analizar el polimorfismo, las bandas SRAP de igual tamaño y movilidad generadas por la misma combinación para los cinco genotipos evaluados se trataron como idénticas para ese locus. Se registró la ausencia (0) / presencia (1) de bandas para cada locus y con ello se generó una matriz binaria. Con la matriz se calculó la similitud genética de Jaccard. Con los valores de similitud se generó un dendograma mediante el procedimiento de promedios de grupos no ponderados (UPGMA).  Se generaron 312 bandas, de los cuales 143 son polimórficas. El polimorfismo promedio fue de 44 %, el contenido de información polimórfica fue de 0.17 y el poder de resolución por combinación de iniciadores fue de 1.92 en promedio. Los genotipos con mayor similitud (0.96) se observó entre el CATIER1 y CATIER6, mientras que el más distante fue el PMCT58. El análisis individual generado por cada combinación permitió seleccionar diez combinaciones de iniciadores SRAP, los cuales serán útiles para la caracterización molecular de cacao.

Palabras claves: Patrones electroforéticos, marcadores moleculares, diversidad, exones e intrones.


Para citar:

Pérez-Ramírez, D.I., López-Gómez, P., Guerra-Medina, C.E., Barrios-Salgado, G. y Barrios-Roblero, C. (2018) Marcadores SRAP e ITAP para estudiar polimorfismo en la microbiota del rumen de bovinos lactantes. Revista del Centro de Graduados e Investigación. Instituto Tecnológico de Mérida, 33(73),01-09




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